هنگامی که فرشتگان سایه پس از 12000 سال خواب به آن حمله می کنند، ترس بر بشریت حاکم است. با این حال، امیدی وجود دارد - Mechanical Angel Aquarion، یک ماشین جنگی که توسط روح های درهم تنیده خلبانان به نام عناصر شناخته می شود.